錄調(diào)控研究中公共數(shù)據(jù)整合分析思路.jpg)
08月27 蛋白主流程任務(wù)投遞說(shuō)明
一、登錄百邁客云平臺(tái)
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進(jìn)入百邁客云平臺(tái)登錄界面，輸入賬號(hào)密碼登錄。賬號(hào)為手機(jī)號(hào)或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺(tái)
百邁客云包含農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)兩大類(lèi)分析平臺(tái)，醫(yī)學(xué)分析平臺(tái)主要針對(duì)人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測(cè)序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析；農(nóng)學(xué)分析平臺(tái)可以應(yīng)用到更多的物種，涵蓋轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析等。點(diǎn)擊左側(cè)導(dǎo)航分析->農(nóng)學(xué)或者醫(yī)學(xué)打開(kāi)分析平臺(tái)列表頁(yè)面，點(diǎn)擊選擇您想要使用的分析平臺(tái)，打開(kāi)其詳細(xì)介紹頁(yè)面，該頁(yè)面可以看到該平臺(tái)的應(yīng)用領(lǐng)域“平臺(tái)介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點(diǎn)擊打開(kāi)軟件即可進(jìn)入到參數(shù)頁(yè)面。
三、創(chuàng)建項(xiàng)目名稱(chēng)
為了方便數(shù)據(jù)、任務(wù)和報(bào)告的管理，我們將同屬于一個(gè)項(xiàng)目的內(nèi)容會(huì)放到一個(gè)項(xiàng)目中，因此進(jìn)行基本分析時(shí)需要先選擇一個(gè)項(xiàng)目，如果沒(méi)有項(xiàng)目也可以點(diǎn)擊+新建先創(chuàng)建一個(gè)項(xiàng)目，見(jiàn)下圖。
四、選擇輸入文件
- 蛋白鑒定表格：蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定的結(jié)果表格。制表符分隔的文本文件，第一列為蛋白ID，其他列為樣品的表達(dá)量。對(duì)格式不清楚的可點(diǎn)擊查看示例下載示例文件。（百邁客項(xiàng)目的結(jié)果文件會(huì)直接推送到客戶(hù)賬號(hào)下，文件夾名稱(chēng)為合同編號(hào)，可直接導(dǎo)入使用）
- 蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)：蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定所用的數(shù)據(jù)庫(kù)。不同數(shù)據(jù)庫(kù)得到的蛋白ID格式不同。這里給出了常用的uniport數(shù)據(jù)庫(kù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)。如果需要和轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析，建議使用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù),并且可以輸入轉(zhuǎn)錄組的注釋信息文件，百邁客的轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目會(huì)自動(dòng)生成此文件，也可以下載示例查看具體的格式）。
五、綜合選項(xiàng)
- 流程版本：選擇最新的版本（目前為0）
- Kegg注釋物種分類(lèi)：點(diǎn)擊下拉框選擇KEGG注釋所用的物種類(lèi)別
- 報(bào)告名稱(chēng)：可以自定義方便區(qū)分的報(bào)告名稱(chēng)，可以使用默認(rèn)名稱(chēng)
- 物種名稱(chēng)：支持自定義物種名稱(chēng)，與后期生成的任務(wù)名稱(chēng)相關(guān)聯(lián)
- 標(biāo)準(zhǔn)化方式：否：不進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化；總峰面積：表示每個(gè)樣本中的每個(gè)蛋白除以該樣本總的峰面積；加和方法：先計(jì)算單個(gè)樣本所有蛋白的sum值, 再用sum值除以幾個(gè)樣本sum值中最大的，得到偏差系數(shù)，最后用蛋白/樣本的偏差系數(shù)得到標(biāo)準(zhǔn)化后的值。此處iTRAQ項(xiàng)目數(shù)據(jù)已經(jīng)進(jìn)行過(guò)歸一化，可以選擇否，lable-free項(xiàng)目推薦總峰面積
六、差異分組設(shè)置
根據(jù)實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)以及樣品信息，進(jìn)行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。
- pvalue值一般推薦選擇0.01，差異倍數(shù)閾值一般推薦選擇2.（此處設(shè)置的的參數(shù)和差異分組在后期報(bào)告?zhèn)€性化中可再次進(jìn)行修改）
- 分組設(shè)置：有幾組生物學(xué)重復(fù)就在左側(cè)的分組池中添加相應(yīng)數(shù)量的分組，再?gòu)挠覀?cè)的樣品池中選樣本加入相應(yīng)的分組中，1個(gè)樣本只能屬于一個(gè)分組且一個(gè)分組的樣本數(shù)目不少于2個(gè)（這里需要修改分組名稱(chēng)，分析完成后不可修改）
- 差異分組設(shè)置
根據(jù)實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)以及樣品信息，進(jìn)行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。（此處的參數(shù)和差異分組在后期報(bào)告?zhèn)€性化中可再次進(jìn)行修改）
七、生成標(biāo)準(zhǔn)分析報(bào)告
參數(shù)設(shè)置完成之后，可以點(diǎn)擊保存參數(shù)，方便之后進(jìn)行重新分析或者基于本次參數(shù)進(jìn)行修改后再次分析；一切準(zhǔn)備就緒后，點(diǎn)擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計(jì)算集群上，根據(jù)不同分析平臺(tái)、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時(shí)到3周的時(shí)間完成項(xiàng)目分析，獲取到標(biāo)準(zhǔn)分析報(bào)告。
報(bào)告查看，點(diǎn)擊項(xiàng)目（管理）?->?我的項(xiàng)目打開(kāi)項(xiàng)目列表，找到之前提交任務(wù)時(shí)選擇的項(xiàng)目，點(diǎn)擊項(xiàng)目名稱(chēng)打開(kāi)該項(xiàng)目，即可看到新生成的分析報(bào)告記錄，點(diǎn)擊報(bào)告名稱(chēng)查看詳細(xì)報(bào)告。
點(diǎn)擊報(bào)告右上角的項(xiàng)目結(jié)果下載，可以選擇下載HTML報(bào)告、PDF報(bào)告和結(jié)果數(shù)據(jù)（尾款結(jié)清后）。HTML報(bào)告只包括分析報(bào)告的html文件及一個(gè)src文件夾，展示了部分結(jié)果；PDF報(bào)告是根據(jù)HTML報(bào)告轉(zhuǎn)換而來(lái)，方便您進(jìn)行報(bào)告打印；結(jié)果數(shù)據(jù)包含了項(xiàng)目中所有結(jié)果文件，一般比較大，會(huì)通過(guò)FTP進(jìn)行下載，請(qǐng)耐心等待下載。